Jamyang Namkha Gyaltsen nació en 1398. Su padre era Kunga Gyaltsen y su madre era Mahick Namkha Gyalmo.

Desde niño tuvo una prodigiosa capacidad de aprendizaje. Memorizó un texto de 200 páginas conocido como Los Dos Análisis en dos días. Por lo tanto, se ganó el título de Jamyang Chenpo, o Gran Mañjuśrī. También se decía que era una emanación de Padmasambhāva.

Fue entronizado como el decimoctavo poseedor del trono Sakya en 1421. También es el decimoquinto poseedor del Linaje de Vajrayoginī.